Un sustantivo provisto de género tiene la siguiente estructura:

construcción[ Gen-[ X ]N ]N
ejemploh-tamanborrego
baseX es un tema sustantival primitivo o complejo
operadorGen es un prefijo que significa uno de los géneros.
construcciones contenedorasforma sustantival
sustantivo con género
construcciones contenidasprefijo de génerotema sustantival
construcciones genéricastema sustantival
sustantivo con género
construcciones específicassustantivo masculinosustantivo feminino

Mientras en otras lenguas, el género es una categoría flexiva – tìpicamente de declinación –, en maya es una categoría de derivación nominal. Esto se decide por el criterio de relevancia sintáctica: no hay ninguna regla sintáctica a la que importe el género de un sustantivo. También coincide el criterio de regularidad (baja).

El paradigma de estos prefijos es el siguiente:

géneroforma
masculinoh
femininox

P.ej.: h wáay brujox wáay bruja; .

alomorfía en la base
alomorfía en el operadorAmbos los prefijos vienen diacronicamente de proclíticos. Una forma más antigua de h es ah. Esta forma se usa todavía con referencia a hombres, sobretodo como profesionistas, pero también para seres supernaturales.
Con las excepciones mencionadas abajo, las clases formadas por los géneros quedan dentro de la clase de seres animados constituída por el clasificador numeral túul.
.a.h-kaax
gallo
b.x-kaax
gallina

El uso de los clíticos de género es muy frecuente con nombres propios de persona: H Peedroh Pedro, X Mati Matilde. En combinación con verbos sustantivados, sirven a la formación de nomina agentis como h/x kaanbal alumno/a.

La categoría de género está desarrollado a un grado muy rudimentar en la lengua:

Visto todo eso, se trata mas de la categoría (biológica/semántica) de sexo que de la categoría (gramatical) de género.

La excepción a esa generalización la constituyen sustantivos inanimados que llevan género feminino. Se trata de sustantivos que designan conceptos que desempeñan un papel importante en la cultura tradicional. Pertenecen a las clases siguientes:

Tomándose el conjunto de clases de sustantivos que aceptan el clítico de genero, se ve una tendencia de que son sustantivos de la cima de la jerarquía de empatía.

Hay variación en el uso del prefijo con sustantivos, y en general su uso se pone menos obligatorio más se desciende en la jerarquía de empatía. A veces, el uso del prefijo de feminino da una matiz de intimidad.