Die Begriffe der Wissenschaft, der Theorie und die weiteren hier behandelten Begriffe sind Gegenstand der Wissenschaftstheorie. Deren Stellung im Wissenschaftsgefüge ist wie folgt: Wissenschaft ist, wie anderswo dargestellt, auf Erkenntnis gerichtet. Diese ist Gegenstand der Erkenntnistheorie = Epistemologie, einer Disziplin der Philosophie neben anderen wie Ethik, Sprachphilosophie oder Metaphysik. Für die Philosophie – als eine Wissenschaft – steht natürlich die wissenschaftliche Erkenntnis im Zentrum des Interesses. Deshalb ist die Wissenschaftstheorie der zentrale Teil der Erkenntnistheorie.

Da nun wissenschaftliche Erkenntnis durch Methoden kontrollierte Erkenntnis ist, ist der zentrale Teil der Wissenschaftstheorie wiederum die Methodologie. Da Methoden, wie anderswo dargestellt, Theorien zu ihren Gegenständen in Bezug setzen und die Wissenschaften sich stark in ihren Gegenständen unterscheiden, gibt es für verschiedene Wissenschaften unterschiedliche Methodologien. Der Gegenstand einer solchen disziplinären Methodologie ist die Gesamtheit der Methoden dieser Wissenschaft, ihre Methodik.